Merkendorf è un cosiddetto Pfarrdorf, ovvero un villaggio parrocchiale. Secondo le leggi e le consuetudini bavaresi si tratta di un villaggio sede di parrocchia, quindi autonomo religiosamente ma non politicamente: la sede comunale piú vicina si trova a Memmelsdorf.

La prima menzione di questo villaggio risale al 1162 e per celebrarne l’850⁰ anniversario il birrificio Wagner ha brassato una birra speciale, la "Jubiläumsbier 850 Jahre Merkendorf" – letteralmente la birra dell’anniversario degli 850 anni di Merkendorf: un nome didascalico e preciso, senza fronzoli, come questa birra in stile Keller particolarmente rustica e robusta.

Dopo alcuni secoli di florido sviluppo agricolo e relativa pace, intorno al 1650 - a seguito dei danni causati dalla Guerra dei Trent’Anni - il villaggio si trovò quasi completamente spopolato. Nei secoli successivi vi fu una lenta ma costante ripresa delle attività agricole che portò ad un miglioramento delle condizioni di vita e di conseguenza ad una crescita della popolazione. All’inizio del XX secolo la cittadina aveva 550 abitanti e raggiunse il suo massimo durante la Seconda Guerra Mondiale quando - grazie agli sfollati della vicina città di Bamberga - superò i 1000, per poi stabilizzarsi intorno agli attuali 900.

A Merkendorf si possono visitare due birrifici, Hummel e Wagner - il secondo di dimensioni ragguardevoli per un cosí piccolo centro abitato - e ospita un unico altro luogo di interesse turistico: la chiesa dell’Esaltazione della Croce (Kreuzerhöhung) in stile neogotico ed inaugurata nel 1864, che presenta diversi manufatti donati dalla cattedrale di Bamberga.